Завод у свом саставу има организационе јединице-центре: Центар за развој програма и уџбеника, Центар за професионални развој запослених у образовању и Центар за стручно образовање и образовање одраслих.

Центар за развој програма и уџбеника обавља стручне послове који се односе на припрему програма: образовања по нивоима и врстама, образовања ученика са посебним способностима, основног образовања у иностранству, образовања одраслих, лица којима је потребна посебна друштвена подршка, као и на квалитет и поступак одобравања уџбеника и наставних средстава.

Центар за стручно образовање и образовање одраслих бави се развојем, праћењем и осигурањем квалитета стручног и уметничког образовања, стручног усавршавања након завршеног средњег образовања, стручног оспособљавања и обуке, стручом и уметничком матуром, завршним, специјалистичким мајсторским испитом, програмима стручног оспособљавања и обуке.

Центар за професионални развој запослених у образовању обавља стручне послове Завода који се односе на: унапређивање и развој система сталног стручног усавршавања и професионални развој запослених у установи, полагање испита за дозволу зa рад наставника, васпитача и стручних сарадника и испита за директоре, вредновање квалитета остваривања програма сталног стручног усавршавања запослених, пружање стручно-педагошке помоћи наставнику, васпитачу и стручном сараднику, сарадњу са наставничким факултетима, универзитетима и другим стручним институцијама у земљи и иностранству.